Tais tendências não podiam deixar de suscitar tempestades e conflitos, já que cada uma das correntes de pensamento procurava impor-se às outras. No princípio desse movimento, nota-se que os teólogos espanhóis estão divididos em duas facções, conforme a atitude diferente que tomam em relação aos princípios ou pontos fundamentais.
De um lado estão os teólogos que Madre Teresa chama de "espirituais" ou "experimentados" (hoje, em certo sentido, nós os chamaríamos de progressistas ou liberais), que não somente praticam a oração mental e a vida interior, coisas em si boas, como também demonstram, em sua propaganda e apostolado, sermões e escritos, um certo desprezo pelos teólogos especulativos, pondo em dúvida sua competência em questões espirituais, convictos como estão de que não são eles os mais indicados para guiar as almas no modo de fazer oração. Tais foram, entre outros, Bartolomeu de Carranza, frei Luís de Granada, João de Ávila, Pedro de Alcântara, Francisco de Borja, Francisco de Osuna, etc.
De outro lado encontram-se os teólogos escolásticos ou especulativos, que a Santa Madre chama de "letrados" (hoje seriam, de certa forma, identificados com os tradicionalistas ou conservadores), que manifestam uma certa desconfiança em relação aos entusiastas da oração mental (cf. C 21, 2), preocupam-se com os perigos do "quietismo" (grande obstáculo à vida mística) e denunciam com facilidade à Inquisição os escritos da outra corrente como sendo perigosos, e consideram os que praticam a oração mental como seguidores da heresia protestante. Este grupo gozava de grande ascendência, especialmente em Salamanca, e os seus principais expoentes foram, entre outros, Melchor Cano (dominicano, adversário pessoal de seu irmão de ordem Carranza), Mancio, Domingo Soto, Medina, etc. Todos eles eram "antifeministas" convictos - como em geral todos os teólogos da época, e não só na Espanha -, para quem as mulheres só serviam para fiar, cozinhar e, no máximo, dizer alguma oração vocal. É digno de nota que M. Teresa sempre tenha preferido esse "letrados" para suas consultas, convencida de que tais teólogos eram a melhor salvaguarda da ortodoxia para sua vida de oração e seus escritos.
As controvérsias e antagonismos entre ambos os grupos teriam se prolongado por muitos anos se a Inquisição não tivesse descoberto certos episódios desagradáveis que deram publicidade à questão, como, por exemplo, um grupo de "iluminados" de Llerena (1540), o quietismo protestante de Cazalla em Valladolid (1554), cujos partidários tentaram atrair a senhora Guiomar de Ulloa e até a M. Teresa, tornando-as expoentes do seu "profetismo" anti-hierárquico e visionário, que hoje chamaríamos de um profetismo contra a Instituição. Assim explica-se que muitas das pessoas implicadas nesse movimento fossem mulheres delatadas e condenadas pela Inquisição, tais como a irmã Madalena da Cruz (Córdoba 1542), Maria de Santo Domingo (monja dominicana de Piedrahita, Ávila) e, anos mais tarde, a famosa e falsa estigmatizada de Lisboa, Maria das Chagas (1585). Todos esses tristes acontecimentos serviram para confirmar a opinião dos "letrados" de que a oração mental não era coisa para mulheres, presas fáceis dos enganos do demônio.
Para dramatizar ainda mais as coisas, houve o famoso caso do processo nada menos do que contra o arcebispo de Toledo e primaz da Espanha, o Dominicano Bartolomeu de Carranza, acusado à Inquisição de criptoprotestantismo por seu irmão de hábito Melchor Cano. A Inquisição espanhola encarcerou o Primaz até a própria Inquisição romana tomar parte na causa.
É preciso considerar que a Inquisição espanhola não foi uma Instituição exclusivamente eclesiástica, mas em parte também civil, e isto por uma razão muito peculiar. Sabe-se que a Espanha fora unificada pelos Reis Católicos, Fernando de Aragão e Isabel de Castela, porém subdividida em regiões muito diversas, de forma que a única força unificadora eficaz era a fé católica que todas compartilhavam. Daí que salvaguardar a fé católica significasse salvaguardar a unidade nacional, motivo pelo qual todo ataque contra a fé católica era considerado ataque contra a unidade e, portanto, crime contra o Estado. Por isso, uma vez que o braço eclesiástico declarava alguém culpado, a pessoa era imediatamente entregue ao braço secular. Daí que a situação da Inquisição espanhola nunca tenha sido tão simples como em Roma ou em outros lugares.
Assim explica-se que, quando os casos acima mencionados chegaram ao conhecimento da Inquisição, esta foi tomada por uma espécie de pânico, pensando que a peste protestante havia contagiado o corpo da Igreja espanhola e que esta se achava em uma situação de verdadeiro perigo, como na vizinha França. Sua reação foi imediata e impiedosa. O inquisidor geral, D. Fernando de Valdés, deu, de Madri, a ordem de prender Carranza como suspeito de heresia, proibindo o seu Catecismo e todos os seus escritos. Em 1559, Valdés publicou o seu famoso Índice de Livros Proibidos, cujas 60 páginas incluíram centenas de títulos; na prática, quase todos os livros espirituais que circulavam na Espanha, como os tão populares de frei Luís de Granada, Pedro de Alcântara, Francisco de Borja, etc. Salvaram-se apenas uns poucos livros em latim, de circulação muito reduzida, naturalmente. O redator do Índice foi o Dominicano frei Domingo Soto, amigo e confessor da Santa Madre. Ela queixou-se amargamente ao Senhor desta medida tão drástica (cf. V 26, 5), e é provável que se refira a este mesmo fato no Caminho (cf. 21, 2). A Santa Madre obedeceu à ordem sem reclamar e se desfez de todos os livros que tinha em romance; contudo, ao lamentar-se ao Senhor, Ele a consolou dizendo: "Não fiques triste, pois te darei livro vivo. (...) Sua Majestade tem sido o livro verdadeiro onde tenho visto as verdades. Bendito seja tal livro, que deixa impresso o que se deve ler e fazer, de maneira que não se pode esquecer!" (V 26, 5).